源文件查重是指通过比对原始文件的文本内容，检测文本中的重复部分或抄袭内容。通常用于学术领域、版权保护等。而知网查重是指利用知网等网络资源进行查重，检测文本的原创性和重复率。两者的主要区别在于查重方式和适用场景不同。

源文件查重通常需要上传原始文件进行比对，能够更精准地检测文本相似度和重复率，适用于对原始文本的保护和检测。而知网查重则是通过网络资源进行查重，可以快速检测出文本的原创性和引用情况，适用于对网络文本的查重和分析。两者在查重精度、使用便捷性和适用范围上有所差异。