源文件论文查重是指通过对比待检测论文与已有源文件的相似度来判断是否存在抄袭行为。而知网查重是指利用知网等专业查重平台对论文进行查重，检测论文与知网数据库中的文献的重复率。源文件论文查重更加注重对待检测论文与原始文献的对比，而知网查重则更侧重于与知网数据库中的文献进行比对。

另外，源文件论文查重可以更好地保护个人隐私，因为不会将论文上传至公共数据库进行检测，而知网查重需要将论文上传至知网平台进行检测。此外，知网查重通常具有更高的准确性和全面性，因为其数据库覆盖面更广，能够检测到更多的重复内容。因此，在选择查重方式时，可以根据具体需求和考量因素来进行选择。