源文件论文查重是指通过对上传的论文原始文件进行查重比对，主要检测论文中的文字是否存在抄袭现象，以及检测相似度。而知网查重则是指将论文上传至知网平台进行查重，系统会自动比对知网数据库中的文献，查找相似度高的内容。源文件论文查重更侧重于原创性，而知网查重更注重文献重复与引用。

另外，源文件论文查重通常需要上传论文原文，保护个人隐私较为重要，而知网查重则无需上传原文，通过平台自动检测。此外，源文件查重的结果更加客观准确，而知网查重结果可能受数据库内容影响。总体而言，源文件论文查重更适合对原创性要求较高的论文，而知网查重适用于快速查找文献相似度高的情况。